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第一、稅率不同。
小規模需要按照3%的稅率來計算增值稅，或者是出售不動產征收的稅率為5%。
一般納稅人的公司會根據公司銷售的貨物，提供的勞務來使用不同檔次的稅率，稅率分別為13%，10%，9%，6%，涉及到出口貨物可能會有零稅率或者是退稅的政策。

第二、發票使用區別。
小規模納稅人不管是取得的增值稅普通發票還是增值稅專業發票都不能抵扣增值稅。
一般納稅人在獲得增值稅專業發票時，可以抵扣進項稅，所以都會盡量要供應商開具增值稅專業發票，普通發票無法完成抵扣，從而會增加公司的運營成本。

第三、稅收優惠政策不同。
小規模納稅人規定了季度銷售額在30萬元以內，可以免征增值稅，另外城建稅，印花稅，房產稅等稅費還可以減征。
一般納稅人類型的公司無法享受到這些稅率方面的優惠政策。

第四、納稅申報周期不同。
一般納稅人的納稅申報按月進行，小規模納稅人的納稅申報一般按季度進行（例外：部分小規模納稅人也可申請按月申報）。
正是因為一般納稅人的會計水平比小規模納稅人更加健全，所以一般納稅人需要每月進行增值稅申報，而小規模納稅人只需在一月初、月初進行增值稅申報。
四月、七月初和十月初進行四份納稅申報表。