個人獨資企業和自然人獨資有限公司的投資者都是一個自然人，但其實這兩個經營主體是有非常大的區別的。
第一、個人獨資企業的企業名稱，都是某某工作室、事務所，經營部等等，而自然人獨資有限公司是某某有限公司，個人獨資企業是不能使用公司名稱的。
第二，個人獨資企業是不具備法人資格的，而自然人獨資有限公司是具有法人資格的。
第三、個人獨資企業對企業承擔無限連帶責任，投資人不只是需要承擔企業分到自己名下的份額債務，多余部分也需要由投資者承擔；自然人獨資有限公司則只需要承擔有限責任。
第四、個人獨資企業的投資者，可以注冊多個個人獨資企業，而自然人獨資有限公司的投資者，只能擁有一家一人公司。
第五、個人獨資企業只需要繳納個人所得稅，不需要繳納企業所得稅；自然人獨資公司倆個稅種都需要繳納。
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